化学肥料有较强的腐蚀性、挥发性和吸水性，若与根瘤菌等细菌性肥料混合施用，会杀伤或抑制活菌体，使细菌性肥料失效。

碱性肥料若与铵态氮肥料如碳酸氢铵、硫酸铵、硝酸铵、氯化铵等混施，则会增加氨的挥发损失、降低肥效。