（1）部分溶酶体酶依赖于M6P途径分选，具体过程是：
①在粗面内质网，内质网上核糖体合成溶酶体酶蛋白；
②进入内质网腔，进行N连接的糖基化修饰；
③在高尔基体顺面膜囊，顶端寡糖链之上的甘露糖残基磷酸化形成M6P；
④与高尔基反碳纳米管面膜囊和反面网状结构膜上M6P受体结合；
⑤以出芽的方式转运到前溶酶体。
（2）溶酶体酶还可通过其他有效途径分选：
①在细胞质膜上为依靠还存在依赖于钙离子的M6P受体，与胞除此以外的溶酶体酶结合，通过受体介导的内吞积极作用，将酶运送至前胞浆中，M6P受体返回细胞质膜，反复使用。
②不依赖于M6P的分选途径，溶酶体膜蛋白不怎么具有M6P标志，如T细胞溶酶体中的酶和酸性磷酸酶的分选。