轮虫动物门的一般结构特点是体微小。大部分生活在淡水中。身体一般分为头、躯干和尾三部分。头部较宽，具有1—2圈纤毛组成的头冠（轮器），是轮虫主要特征之一。纤毛摆动，形似车轮，故称轮虫。
体被角质膜，常在躯干部加厚，称为兜甲。尾部又称足，其内有足腺，借其分泌物可粘附于其他物体上。消化管可分为口、咽、胃、肠和肛门等，咽部膨大，称咀嚼囊，其内有由角质膜硬化形成的多块坚硬的咀嚼板，称咀嚼器，它也是轮虫的主要特征之一，它有咀嚼食物的功能。
排泄器官为有焰细胞的原肾管。雌雄异体。雄虫不常见，环境好时营孤雌生殖。环境恶化时行有性生殖（配子结合）。