腔肠动物门划分为3纲，即水螅纲，钵水母纲和珊瑚纲。
各纲划分依据分别是：
水螅纲：一般是小型的水螅型或水母型动物；水螅型只有简单的消化腔；水母型有缘膜；生活史中大部分有水螅型和水母型，即有世代交替。
钵水母纲：一般是大型水母型动物；水螅型为小型，水螅型常以幼体出现；水母型无缘膜，其消化腔内有胃丝。
珊瑚纲：只有水螅型，而无水母型，水螅型结构复杂，有口道、口道沟、隔膜和隔膜丝；多数有外骨骼。

通常以除脊索动物门外的其他所有动物门类为研究对象，研究其形态结构、分类、生命活动与环境的关系以及发生发展的规律。