两栖纲的体型可分为蚓螈型，鲵螈型和蛙蟾型。身体分为头、躯干、尾和四肢四部分。眼有活动性眼睑（鱼类无），下眼睑连有半透明的瞬膜（当蛙等潜水时，瞬膜会自动上移遮蔽和保护眼球）。皮肤裸露并富含腺体，其保水能力差。头骨的脑颅是平底型（宽而扁，脑腔小，无眶间隔），枕髁2个；骨化程度不高；颅骨通过方骨与下颌连接（自接型）；
脊柱：分为颈椎（一块）和躯干椎（数目在不同种类有差异）、荐椎（一块）和尾椎（数目在不同种类有差异）。椎体类型多样，有前凹型、后凹型和双凹型等。
从两栖类开始出现五指型附肢。典型的五指型附肢包括（由体中部向外侧排列）上臂、前臂（下臂）、腕、掌和指五部分组成。在前肢的具体骨骼名称依次为肱骨、桡骨和尺骨（二者并排）、腕骨（常为多块）、掌骨（常为多块）和指骨（常为多块）。在后肢的具体骨骼名称依次为股骨、胫骨和腓骨（二者并排）、跗骨（常为多块）、跖骨（常为多块）和趾骨（常为多块）。
消化系统包括消化管和消化腺两部分。肠依次分为十二指肠、回肠（它与十二指肠合称为小肠）、大肠。主要消化腺是肝脏和胰脏。
呼吸主要由一对简单的囊状肺和皮肤来执行（即肺皮呼吸）。呼吸动作仅是口咽式呼吸。效率较低。
循环方式是不完全的双循环，虽然出现了体循环和肺循环的分化，但在心室中体循环和肺循环的血液有混合（即少氧血和多氧血），把这种循环方式称为不完全的双循环。双循环的出现是脊椎动物从水中生活进化到陆地生活的必然结果，也是由于肺呼吸出现的必然结果。成体的心脏由静脉窦、二心房和一心室组成。动脉的特点是具有左右体动脉弓；静脉系统的特点是有肾门静脉和肝门静脉（门静脉是指两端都是毛细血管网的一段静脉，常以该静脉所到达的近心端的器官+静脉二字命名）。
排泄系统主要是一对肾脏。
脑由五部分组成（一般认为脊椎动物亚门均如此），但比鱼类进步，主要表现在大脑半球除在腹面和侧面外，在顶部也出现了神经细胞，称为原脑皮（即较原始之意），而鱼类是古脑皮（脑神经细胞仅在大脑半球的腹面和侧面，顶部无神经细胞）。中脑两个视叶分开；脑神经仍是10对。
感官有侧线、眼、鼻、耳等，耳除内耳外还出现了中耳，中耳的产生是适应陆生的结果，它在两栖类由中耳腔（鼓室）、耳柱骨（由鱼类的舌颌骨演变而来，传递声波）、鼓膜（外露，与外界相接触，传递声波）、椭圆窗、耳咽管等组成。