鱼类的消化系统由消化管和消化腺两部分组成。消化管包括口腔、咽、食道、胃、肠和肛门几部分，鱼类的肠分化不明显，一般不能区分出小肠和大肠，草食性的肠较长，肉食性的较短。
主要消化腺有肝脏和胰脏，但有些鱼类的肝脏和胰脏不分开（例：鲤科鱼类）而混合在一起，称为肝胰脏。
颌齿与咽齿的发达程度呈互补关系，即颌齿发达者，则咽齿不发达或缺，大多数鱼类如此；当颌齿不发达或缺时，则咽齿发达，如鲤科鱼类的口腔无齿，则它的咽齿就发达。