尾索动物亚门的主要特征是：脊索和背神经管仅存在于幼体的尾部，成体退化或消失。体表被有被囊。有逆行变态。下面以柄海鞘为例加以说明。
柄海鞘的成体营固着生活，在结构特点上主要有被囊，咽鳃裂和柄等，鳃发达，占身体很大的比例。心脏借围心膜的伸缩而搏动，自身无搏动能力；循环方式为开管式的有特殊的可逆式循环，即血液无固定的流动方向。
但它的幼体与成体显著不同，幼体具有脊索动物的3大特征，即脊索、背神经管和咽鳃裂，其脊索仅存在于尾部，故名尾索动物。幼体经过几个小时的自由生活后，就用身体附着在其他物体上进行变态，其结果是由自由生活方式转变为固着生活，由幼体发育为成体；在结构上，脊索、背神经管在成体消失，这种变态称为逆行变态。