（1）机械混杂
品种在繁殖过程中，种、收、脱粒、运输、贮藏等环节可能发生机械混杂；不合理连作施肥（前茬作物残粒、未腐熟农家肥）。进一步造成生物学混杂，加速退化。
（2）生物学混杂
由于隔离不适当或去杂不严格造成不同自交系、不同品种、不同种间发生天然杂交，引起生物学混杂。
（3）选择作用
包括自然选择和人工选择。
自然选择随时随地起作用。一个相对一致的品种群体中普遍含有不同的生物型，，种子繁殖所在地的环境条件会对这个群体进行自然选择，选留了人们所不希望有的类型，这些类型在群体中扩大，使品种原有特性丧失。
人工选择中由于种植者本身对品种特性了解不全面或不了解误把非典型性状当作典型性状选择下来。
（4）遗传基因的继续分离
遗传组成上尚未纯合的群体，其中的杂合体在繁殖推广过程中由于个体杂和性会继续发生分离。
（5）不良环境条件的影响
在作物生育期不同阶段，由于遇到不良环境（低温、高温、冷水、碱水、深水、干旱、虫害等），使品种丧失某些优良性状或发生退化。
防止品种混杂退化的措施
（1）建立严格的种子繁育规划，防止机械混杂
合理连作、合理施肥（充分腐熟）
严格种子发放交接顺序（不同品种标签标记好，防止弄混）
种子精选和拌药时要严格按规程办事
种子在运输贮藏时，机器、容器要清理干净
（2）严格隔离，防止生物学混杂
异交、常异交作物无论亲本种子生产，还是配置杂交种都要进行严格隔离。
隔离可采取时间隔离、空间隔离、障碍隔离。
亲本种子隔离在500m以上，配置杂交种第一年隔离300m，自交作物要求不严格、也可人工套袋。
（3）去杂去劣、正确选择
去除与本品种形态不同、长势不好、有病害、苗期与正常品种长势不同的植株。
（4）严格按种子程序进行生产，定期更新种子