肺血栓栓塞症溶栓治疗的适应证：溶栓治疗主要适用于大面积PTE病例，即出现因栓塞所致休克和(或)低血压的病例；对于次大面积PTE，即血压正常但超声心动图显示右室运动功能减退或临床上出现右心功能不全表现的病例，若无禁忌证可以进行溶栓；对于血压和右室运动均正常的病例不推荐进行溶栓。溶栓的时间窗一般定为14天以内。溶栓应尽可能在PTE确诊的前提下慎重进行。对有溶栓指征的病例宜尽早开始溶栓。
溶栓治疗的绝对禁忌证有：活动性内出血；近期自发性颅内出血。相对禁忌证有：2周内的大手术、分娩、器官活检或不能以压迫止血部位的血管穿刺；2个月内的缺血性中风；10天内的胃肠道出血；15天内的严重创伤；1个月内的神经外科或眼科手术；难于控制的重度高血压(收缩压>180mmHg，舒张压>110mmHg)；近期曾行心肺复苏；血小板计数低于100×10/L：妊娠；细菌性心内膜炎；严重肝肾功能不全；糖尿病出血性视网膜病变；出血性疾病等。对于致命性大面积PTE，因其对生命的威胁极大，上述绝对禁忌证亦应被视为相对禁忌证。
溶栓治疗的主要并发症为出血，最严重的是颅内出血。用药前应充分评估出血的危险性，必要时应配血，做好输血准备。溶栓前宜留置外周静脉套管针，以方便溶栓中取血监测，避免反复穿刺血管。