共生原理：
农林牧复合生态系统各组分间必须是互利共生、相互促进的关系；必须是以林护农保牧、以牧兴林强农、以农促牧增林的关系。以实现农林牧互相促进，共同发展的目标。
系统整体性原理：
农林牧各组分之间不是孤立的，而是整个复合生态系统中相互联系、相互作用的一部分。因此，在选择物种时，必须考虑该物种对其他物种及对整个复合生态系统的影响。
物质多重利用原理：
在农林牧复合生态系统中，各子系统之间的物质必须要多重利用，尽量做到无废物产出。如畜牧业的粪、尿，是农作物和林木的优质肥料；而农副产品及豆科灌木饲料林，也是畜牧业的饲料源。只有物质的多重利用，才能形成良性的物质循环系统。

原因影响结果，结果又影响原因。原因与结果通过信息流组成一个闭合的反馈系统，称之为因果反馈环。