生态工程是应用自然生态系统原理，通过同自然环境合作，进行的对人类社会和自然环境双方都有利的复合生态系统设计的科学；生态工程是建立在少花费、低能耗而更有效地利用自然资源的基础上，增加社会财富的同时，又能使人类社会与自然环境都可持续发展的生态设计、生态保育、生态恢复、生态更新和生态管理等的技术综合。生态工程是一种理念，更是一种方法的集成。作为理念，生态工程既肯定了生态问题的人为性，又强调了在解决生态问题上人类的主动性和创造能力。
同时，生态工程试图提供一套方法，就不同区域的千差万别生态问题设计出可行的治理方案。实际应用更为广泛：生态工程学可以广泛的应用于农林牧业以及生态建设，生态工程是对生态系统进行设计，使其符合生物圈的组织原则，它超出了种群和群落水平，因而对物种多样性、遗传多样性、群落多样性都具有积极的保护意义。生态工程就是要通过对农业生产的设计与管理，实现生态农业可持续发展的目标。生态工程在林业上的应用较晚，但却有非常广阔的前景。应用生态工程技术和方法造林，可设计各种农、林、牧结合的模式，将林业建设、农业生产和牧业发展相结合促进农业，以农业和林业的发展促进牧业生产的目的。
生态工程是解决城市生态系统所面临问题的有效方法与技术。也就是说，要把城市作为社会-经济-自然复合生态系统，运用系统科学的方法，从整体上规划设计和解决人口与资源、工业化与环境保护、生产与生活、近期与长远、城市与郊区的多种矛盾，使其互相有利、协调发展。