进水有机物含量的增加会影响强碱阴树脂的工交容量，长期得不到改善时会对出水水质造成影响。因为有机阴离子主要是一些蛋白质和腐植酸，它们的大分子会堵塞树脂颗粒的微孔，妨碍水中的离子与树脂的接触和交换。而且有机物的堵塞很难通过正常的清洗和再生来排除，长期作用于树脂会导致树脂结构的破坏而使强碱树脂提前报废；

进水硅离子增加时会增加阴树脂的负荷，也会影响阴床的周期制水量，但正常运行中只要阴树脂没有失效，就不会影响出水的含硅量；