性功能障碍的治疗包括以下几个方面：
(1)心理治疗由于性功能障碍的主要病因来自于对性问题的不良认知、人际关系问题、夫妻间性和谐问题及早年或人生成长的性创伤经历等。所以开展认知治疗、家庭治疗、婚姻治疗、行为治疗、精神分析治疗均会收到效果。
(2)药物治疗万艾可治疗阳痿有效。它的作用是在有性欲及性刺激的情境下发挥的。万艾可不能增强性欲，也不能解决心理问题，所以它只能是心理治疗的辅助方法。
(3)其他治疗激素替代疗法用于治疗内分泌异常。如果病因是源于正在服用的药物就要寻找既对原发病有效又对性功能没有影响的替代药物。对于某些因躯体疾病而出现性功能障碍的病人，原发病的治疗可直接使病人的性功能得到改善。