合作金融机构与股份制商业银行的主要区别有以下几点：
一是控股方式不同。股份制是从上至下控股；合作制则是从下至上控股，上一级机构为下一级机构所拥有，最基层的机构股份的持有人即入股社员是最终的所有者。
二是分配方式不同。股份制机构税后利润的分配是由股东大会决定，且所有利润最终要量化到每一股份；合作制机构税后利润在分配中要强制留出公共积累部分，而且公共积累不得私分，也不能最量化到每一股份。
三是管理方式不同。股份制的最高权力机构是股东大会，表决时实行“一股一票”制；合作制的最高权力机构是社员代表大会，表决时实行“一人一票”制。
四是经营目标不同。股份制的机构是以追求利润最大化为唯一目标；合作制的机构经营的宗旨是以为社区和入股社员服务为主，它也追求利润，但不是它的唯一目标。
合作金融机构与股份制商业银行的相同之处在于：我国合作金融机构（城乡信用社）吸收活期存款，具有创造存款货币的能力，从这一点来讲，它具备了商业银行的基本功能。从发展趋势上看，合作金融要生存发展也要进行商业化经营。