子宫内膜异位症易与下列疾病相混淆，应予鉴别：①卵巢恶性肿瘤，患者一般情况差，病情发展迅速，腹痛、腹胀为持续性。检查除扪及盆腔内包块外，常发现有腹水。B超显示肿瘤包块以实性和混合性居多，形态多不规则。凡诊断不明时，应尽早剖腹探查。②盆腔炎性包块，以往多有急性盆腔炎和反复发作史，疼痛不仅限于经期，平时亦有腹部隐痛，且可伴有发热。抗感染治疗有效。③子宫腺肌病，痛经症状与子宫内膜异位症相似，甚至更剧烈。子宫多呈对称性增大，且质地较正常子宫硬。经期检查时，子宫压痛明显。此病也可与子宫内膜异位症合并存在。

卵巢无排卵，但卵泡细胞出现黄素化，患者体温呈双相，子宫内膜呈分泌期改变，但无受孕可能。此病征为LUFS。