因不能预见并不能克服的自然灾害（如地震、台风、火山爆发等）或者可以预见但不可避免并不能克服的自然灾害（如洪水、干旱等）、战争和重大突发事件（如恐怖事件等），造成重大直接经济损失的，可以申请减半缴纳或者免缴排污费。排污者自遇不可抗拒的自然灾害和其他突发事件之日起30天内向具有审批权限的环保、财政、物价部门同时申请，并向本级征收的环保部门备案。
环保、财政、物价部门收到排污费减免书面申请后，应当在30日内由环保部门先行调查核实，并提出审核意见报同级财政、物价主管部门。批准减免排污费的排污者名单，由环保部门会同财政、物价主管部门每半年公告一次。养老院、残疾人福利机构、殡葬机构、特殊教育学校、幼儿园、中小学校（不含其所办企业），以及财政部、发改委、环保总局规定的非盈利性社会公益事业单位，在达标排放污染物的情况下，可以申请免缴排污费。由排污者按年度申请，经负责征收排污费的环保部门核实后即可免缴排污费。