1、由排污者向负责征收的环境保护行政主管部门申报登记排放污染物的种类、数量及与排污有关的各种资料；
2、负责征收的环境保护行政主管部门按规定对排污者排放污染物的种类、数量进行核定；
3、根据核定结果，负责污染物排放核定工作的环保部门按规定向排污者征收排污费；
4、排污者必须按规定足额、及时缴纳排污费；
5、排污者未按照规定缴纳排污费的，负责征收排污费的环保部门责令排污者限期缴纳，逾期拒不缴纳的，依法给予行政处罚。