排放废水和废气污染物实行总量多因子叠加收费，即将排污口排放的各种污染物折合成为当量值，再将各种污染物的当量值合计计算排污费；{排放一般固体废物的（新的《固体废物法》规定不再收取排污费）}；噪声是按照排放噪声的超标声级缴纳噪声超标排污费。
对于超标排放大气污染物的，按照《大气污染防治法》规定予以处罚，排污费仍按上述方法计征；而对于超标排放水污染物的，将按照排放污染物的当量值加一倍计征排污费。