根的初生生长过程中，侧根不断产生。它起源于根毛区中柱鞘一定部位。侧根发生时，中柱鞘相应部位的几个细胞，先行切向分裂增加细胞层数。继而进行各个方向的分裂，产生一团新细胞，形成侧根原基，其顶端逐渐分化为生长点和根冠。最后侧根原基的生长点进一步分裂、生长、分化，穿过皮层，伸出表皮，成为侧根。
侧根发生的部位，常是二原型根中，发生于原生木质部和原生韧皮部之间或正对原生木质部的地方；三原型、四原型的根中，多正对原生木质部；多原型的根中，则多正对原生韧皮部。