我国农村经济合作组织，发展虽然迅速，但在发展中还存在一定的问题，表现在以下几个方面：
（1）对现代的农村经济合作组织认识问题还没有完全解决。有人认为，现在主要应发挥家庭经营的积极性，把合作经济与家庭经营对立起来；有的一提起合作社就想起过去的高级社、人民公社，又怕回到过去的“一大二公”老路上去；有的认为兴办合作经济组织，是农民自己的事，政府不易多管，放任自流，无所作为，忘记了对农民改革和发展的组织、引导职能。
（2）发展合作经济组织的宏观环境不宽松。主要是合作经济组织的法律地位不明确，在参与经济活动中，缺少法律地位与法人资格，舆论和政策方面的支持不够。另外，管理体制也不顺畅，使得各类合作资源无法整合在一起。
（3）经济合作组织内部运行机制不健全、不规范。许多合作经济组织没有规范章程，宗旨和职责不清，管理制度不完善，制约着经济合作组织的健康发展。