（1）与工商企业比较。相同点：都要从事盈利性经营活动，组建方式都可以采用股份制和股份合作制。不同点：社会效益重于经济效益，农村经济合作组织经营收益在提取必要的公基金，公益金以后，需返还给组织成员，即实行对内非盈利原则。组建方式更为灵活，除股份制和股份合作制以外，还可以实行会员制，组织成员可以跨行业，跨行政区域。
（2）与社会团体比较。相同点：组建的目的都是为了实现成员间的共同意愿。不同点：社会团体不能从事盈利性活动，而农村经济合作组织需要从事盈利性活动。
（3）与村级集体经济组织的比较。相同点：都是农民群众的集体组织。不同点：村级集体经济组织是政府的基层政权组织，受行政区划的限制，而农村经济合作组织不受行政区划的限制，可以让农民在更大范围内进行合作。