大豆蛋白质在某些物理或化学因素的作用下，大豆蛋白质所处的微环境发生变化，其分子原有的内部结构和分子构象发生变化，并导致蛋白质的物理特性、化学特性、功能特性及生物学特性发生变化的现象，即称为大豆蛋白质的变性，变化所得蛋白质称为变性蛋白质。
在大豆食品加工过程中，几乎所有过程都需要加热，因此加热变性是大豆和大豆制品加工中最常见的一种变化形式。影响热变性的因素主要有时间、变性温度、水量等。大豆或低温脱脂大豆粉的蛋白质在水或碱性溶液中的溶出量可达80%～90%。但若将脱脂大豆粉利用蒸汽进行加热，则大豆蛋白质的溶出率会随着加热时间的延长而迅速降低。变性温度是热变性的关键，一般认为大豆蛋白质的开始变性温度在55℃～60℃之间。在此基础上，温度每提高10℃，变性作用的速度约提高600倍左右。大豆蛋白质的热变性程度，还与水及其他物质的存在与否密切相关。
冷冻也可以使蛋白质变性，冷冻变性是指冻豆腐生产中，蛋白凝胶在-3℃～-1℃的条件下放置2～3星期，解冻后就呈海绵状，脱水性强，即大豆蛋白质的一部分在解冻后不溶于水。冷冻温度以-1℃～-5℃最容易变性，深冷速冻情况下蛋白质不易变性，冷冻时间越长，蛋白质变性越显著；蛋白质浓度越高，冷冻后越易变性。
在大豆食品的加工中最常见的能引起大豆蛋白质变性的化学因素是酸碱和有机溶剂。