（1）曲霉制曲
①天然制曲大豆经蒸煮出锅后，冷却至35℃，移人曲室，装入竹簸箕，内厚约2cm～3cm，四周厚些中间薄些，室温在26℃～30℃，品温在25℃～35℃培养，最高不超过37℃。入室24h品温上升，豆豉稍有结块，48h左右菌丝布满，豆粒结块，品温可达37℃，进行第一次翻曲，用手搓散豆粒，并互换竹簸箕上下位置使温度均匀，翻曲后品温下降至32℃左右，再过48h品温又回升到35℃～37℃，开窗通风降温，保持品温33℃。以后曲料又结块，且出现嫩黄绿色孢子，进行第二次翻曲。以后保持品温在28℃～30℃，6d～7d出曲。成曲豆粒有皱纹，孢子呈暗黄绿色，用手一搓可看孢子飞扬，掰开豆粒内部大都可见菌丝，水分含量在21％左右。
②纯种制曲大豆经煮熟出锅，冷却至35℃，接入3.042种曲0.3％，拌匀入室装入竹簸箕中厚2cm左右。保持室温25℃。品温25～35℃，22h左右可见白色菌丝布满豆粒，曲料结块，品温上升至35℃左右，进行第一次翻曲，搓散豆粒使之松散，有利于分生孢子的形成，并不时调换上下竹簸箕位置，使品温均匀一致，72h豆粒布满菌丝和黄绿色孢子即可出曲。
（2）毛霉制曲
①天然制曲大豆经蒸煮出锅，冷却至30℃～35℃，入曲室上簸箕或晒席，厚度为3cm～5cm，冬季入房，室温2℃～6℃，品温5℃～12℃；制曲周期因气候变化而异，一般15d～21d。入室3d～4d，豆豉可见白色霉点；8d～12d菌丝生长整齐，且有少量褐色孢子生成；16d～20d毛霉转老，菌丝由白色转变为浅灰色，质地紧密，直立，高度0.3cm～0.5cm，同时紧贴豆粒表层有暗绿色菌体生成，即可出曲。100kg原料可得成曲125kg～135kg。
②纯种毛霉制曲大豆蒸煮出锅，冷却至30℃，接种纯种毛霉种曲0.5％，拌均后入室，装入已杀菌的簸箕内，厚约3cm～50cm，保持品温在23℃～27℃培养。入室24h左右豆粒表面有白色菌点，36h豆粒布满菌丝略有曲香，48h毛霉生长旺盛，菌丝直立由白色转为浅灰色，孢子逐渐增多即可出曲，制曲周期为3天。
③细菌制曲山东水豉及一般家庭制作豆豉大都采用细菌制曲。家庭小量制作时，大豆水煮，捞出沥干，趁热用麻袋包裹，保温密闭培养，3d～4d后豆粒布满黏液，可牵拉成丝，并有特殊的豆豉味即可出曲。值得注意的是在干燥荒漠地区制作细菌型豆豉，有时会伴生肉毒杆菌，新疆地区曾发生多起食用家庭制作的细菌型豆豉产生肉毒杆菌中毒的事件。