豆腐脑是由大豆蛋白质、脂肪和充填在其中的水构成的。豆腐脑中的蛋白质呈网状结构，而水分主要存在于这些网状结构内。按照它们在凝胶中的存在形式可分为结合水和自由水。其中结合水主要与蛋白质凝胶网络中残留的亲水基以氢键相结合，一般1g蛋白质能结合0.3～0.4g水，结合水比较稳定，不易从凝胶中排出。而自由水是在毛细管表面能的吸附作用下存在于凝胶网络中，成型时在外力作用下易流出。所谓豆腐的持水性也称为保水性，主要是指豆腐脑在受到外力作用时，凝胶网络中自由水的保持能力。
蛋白质的凝固条件决定着豆腐脑的网状结构及其保水性、柔软性和弹性。一般来说，豆腐脑的网状结构网眼较大，交织得比较牢固，豆腐脑的持水性就好，做成的豆腐柔软细嫩，产品得率亦高。豆腐脑凝胶结构的网眼小，交织得不牢固，则持水性差，做成的豆腐就僵硬、缺乏韧性，产品得率受到影响。