大豆在收获、贮藏以及运输的过程中难免要混入一些杂质，如草屑、泥土、沙子、石块和金属等。这些杂质不仅有碍于产品的卫生和质量，而且也会影响机械设备的使用寿命，必须清理除去。大豆原料在进一步加工前必须进行清理，以除去杂质。同时应去除碎豆、裂豆、虫蛀豆和其他异粮杂质。手工作坊和小的豆腐加工厂采用手工挑选的方法，然后经过清洗就可以进入浸泡工序。较大规模的豆腐加工厂可以采用机械方法进行清理。
大豆清理的方法一般分干法和湿法。干法一般包括振动筛和比重去石机。振动筛可以带有吸风装置，以吸走轻杂质。相对密度大的杂质通过筛网分离。比重去石机主要用以去除砂石。但这种方法很难除去虫蛀豆和裂豆，依然需要人工挑选。因此，大型加工厂应对原料中的虫蛀豆和裂豆比例严格控制。湿法利用大豆与杂质的相对密度差异，在水中的浮力和沉降速度不同进行分离。最简单的就是流水槽，水槽一般有15º左右的倾角，顺着水流，轻杂质漂在水的表面，重杂质在最下层，大豆在中间层，从而将大豆与杂质分离。另一种湿法清理的方法是旋水分离法。无论是干法还是湿法清理，都应设置磁选装置，以去除细小的金属杂质，否则会对磨浆操作和产品质量产生不利影响。
①振动式洗料机的工作原理水和大豆不断流入前后做往复运动的水槽，当水槽向后运动时水与大豆涌出槽外，经排水网大豆与水分离，水可以循环使用，大豆则进入下一道工序。相对密度大的石子等杂质沉降在底部而被去除。
②旋水分离法工作原理利用由此而产生的离心力的差异达到分离的目的。大豆与石块被输送泵以一定的速度输入旋水分离器，水在旋水分离器内由上向下做旋转运动，形成外涡旋，并到达分离器的底部。分离器的底部是封闭的，水流又沿分离器轴心由下向上做旋转运动，形成内涡旋。大豆及石块在水流的作用下，由于相对密度不同，石块等相对密度大的杂质具有较大的离心力，它们在外涡旋的作用下，沿旋水分离器的锥体内壁很快落到底部，并由于自身重力的作用不能随内涡旋做向上的旋转运动。而大豆由于离心力小，它们在向下旋转运动的过程中逐渐靠近分离器的轴心，在到达分离器的底部之前，就在内涡旋作用下，做向上的旋转运动，并随水流一起通过旋水分离器的出口排出。旋水分离器结构简单，清理彻底，占地面积小，消耗功率低，使用寿命长，造价低，并能同时完成原料大豆的筛选、水洗和提升，是一种经济合理，易于普及推广的原料大豆处理设备。