左拉是自然主义理论的创立者。在其《实验小说》、《戏剧中的自然主义》、《自然主义小说家》等著述中，他的自然主义理论得到系统阐述。其主要内容包括：
1）强调事实的真相，反对对现实进行概括和典型化。左拉要求作家直接观察人生和社会，“按自然的本来面目来观察自然”，“自然主义就是回到自然，进行直接观察和精确的解剖分析。”。
2）奉行实证主义，主张采取纯科学的态度，从生理学、遗传学和实验科学的角度，观察人的思想活动的社会现象。
3）否定文学的道德观念和社会作用，反对作者对事件和人物作出主观的评价。左拉的自然主义根本否定了文学的倾向性，“不要夸张，也不要强调，只要事实”，“我不要做政治家、道德家，我只要做一个学者就满意了，我将要表现事实，……而结论我是没有的。”
但左拉在自己的创作中并没有完全奉行这些理论，在其名作《萌芽》中，就充满了激昂的热情，也有深刻的社会分析。