反渗透膜在运行中容易受金属氧化物的污染，如铁污染，可以采用0.2mol/L的柠檬酸铵，调节pH值为4～5并以15L/min流量循环清洗；如果膜产生结垢现象，如钙的沉积物，可以用1%～2%的盐酸以5L/min流量循环清洗；但对于CA膜，pH值应不低于2；当膜受到有机物、胶体的污染时，可以采用EDTA、磷酸钠（十二烷基磺酸钠）并用氢氧化钠调节pH值为10左右，以40L/min流量循环清洗；当膜受到细菌污染，可以用1%的甲醛溶液以15L/min流量循环清洗。
在循环清洗时，维持压力在0.4MPa；反渗透的清洗一般都需要接临时系统，原则上应分段清洗，清洗的水流方向和运行方向一致，一个清洗步骤完成后应进行水冲洗，再转为另一个步骤；清洗的温度不应超过40℃；一般情况下，每一段循环时间可为1.5h；当反渗透膜污染严重时，清洗第一段的溶液不要用来清洗第二段，应重新配制；为提高清洗效果，可以让清洗液浸泡膜元件，但不应超过24h；在清洗过程中应检测清洗液的pH值，观察清洗液的颜色变化等。对于反渗透的清洗以及清洗条件，应向供应商咨询，以便对膜本身更有针对性。