宋代书院的管理形成了许多有别于官学和以往私学的特点：
（1）形成了独特的管理体制。书院的山长为最主要的负责人，多由学有专长、德高望重的著名学者充任，担当行政事务主管和教学主讲，是书院各项工作的主要组织领导者。另外，书院还设立有学生担任的管干、斋长等职和一系列勤杂人员。
（2）书院的管理已经制度化，通过制定各种条款以规范引导学生的学习和生活，加强了书院的管理。
（3）形成了相当完善的教学组织管理体制。以“五经”和《四书集注》为主要教材。采用自由讲学的形式，各学者均以自己的著作做教材，讲授自己和本学派的学术见解。采用名师拟定课题，聚集生徒“升堂讲说”的教学组织形式。教学以自学为主，提倡师生之间、同学之间相互质疑论辩。实行考课制度，以展礼作为书院教育教学的重要形式。