（1）转基因食品携带的抗生素基因有可能使动物与人的肠道病原微生物产生耐药性； 
（2）抗昆虫农作物体内的蛋白酶活性抑制剂和残留的抗昆虫内毒素，可能对人体健康有害； 
（3）随着基因改造的抗除草剂农作物的推广，可能导致除草剂的用量增加，从而导致除草剂在食品中残留量加大； 
（4）引入病毒外壳蛋白基因的抗病毒农作物可能对人体健康产生危害。 
（5）外源基因可能对食品的营养价值产生无法预期的改变，其中有些营养降低而另一些营养增加。 
（6）此外，有关食用植物和动物中营养成分改变对营养的相互作用、营养基因的相互作用、营养的生物利用率、营养的潜能和营养代谢等方面的作用的资料很少。