水解蛋白质的酶可分为两大类：肽酶和蛋白酶。
肽酶又叫肽链外切酶，只作用于多肽链的末端，依次将氨基酸一个一个地或两个两个地从肽链上分解下来。其中，作用于羧基末端肽键的肽酶，叫羧肽酶，作用于氨基末端肽键的肽酶，叫氨肽酶；
蛋白酶又叫肽链内切酶，作用于多肽链的内部，从而使多肽链变为许多小肽段。最后在肽酶的作用下进一步水解，最终变成各种游离氨基酸。