线虫的消化系统非常发达，是从口孔开始一直连到肛门的直通管道。口孔上有6个突出的唇片（不同类群的线虫，唇片会发生各种变化），口孔的后面是口腔。口腔下面是很细的食道，食道的中部可以膨大而形成一个中食道球，有的线虫还有一个后食道球，而一般植物寄生线虫只有中食道球。食道的后端为食道腺，一般是3个腺细胞融合而成，它们的作用是分泌唾液或消化液，所以食道腺也称唾液腺。食道以下是肠，连到尾部的直肠和肛门。植物寄生线虫的口腔内有一个针刺状的器官称作口针，口针能穿刺植物的细胞和组织，并且向植物组织内分泌消化酶，消化寄主细胞中的物质，然后吸入食道，因此口针是植物寄生线虫最主要的标志。
植物寄生线虫的主要食道类型分两类：垫刃型食道（Tylenchoidoesophagi），整个食道可分为四部分，靠近口孔是细狭的前体部，往后是膨大的中食道球，之后是狭部，其后是膨大的食道腺。背食道腺开口位于口针基球附近，而腹食道腺则开口于中食道球腔内；滑刃型食道（Aphelenchoidoesophagi）：整个食道构造与垫刃型食道相似，但其背、腹食道腺均开口于中食道球腔内；线虫的食道类型是线虫分类鉴定的重要依据。