植物病毒分类依据的是病毒最基本、最重要的性质：
1.构成病毒基因组的核酸类型（DNA或RNA）；
2.核酸是单链（singlestrand，ss）还是双链（doublestrand，ds）；
3.病毒粒体是否存在脂蛋白包膜；
4.病毒形态；
5.核酸分段状况（即多分体现象）等。
植物病毒种的标准名称，仍以寄主英文俗名加上症状来命名。第一个词的首字母要大写，后面的词除专用词汇（如地名等）外首字母一般不大写，如烟草花叶病毒为Tobaccomosaicvirus，缩写为TMV；黄瓜花叶病毒为Cucumbermosaicvirus，缩写为CMV。属名为专用国际名称，常由典型种的寄主名称（英文或拉丁文）缩写+主要特点描述（英文或拉丁文）缩写+virus拼组而成。如：黄瓜花叶病毒属的学名为Cucu-mo-virus；烟草花叶病毒属为Toba-mo-virus。即植物病毒属的结尾是-virus，科、属名书写时应用斜体，凡是经ICTV批准的确定种（definitivespecies）的名称均应用斜体书写或打印，而暂定种（tentativespecies）或属名未定的病毒名称暂用正体。
类病毒（Viroid）在命名时遵循相似于病毒的规则，因缩写名易与病毒混淆，新命名规则规定类病毒的缩写为Vd，如马铃薯纺锤块茎类病毒（Potatospindletuberviroid）缩写为PSTVd。