植物病原原核生物要传染到植物上才能从自然孔口和伤口侵入，它们的传染途径一般也是田间进一步传播的途径。雨水是植物病原细菌最主要的传播途径。在植物表面或菌脓中的病菌，很难随着气流传播，要通过雨露和水滴的飞溅才能传播得较远。许多植物细菌病害发生的轻重与降雨的多少有关，雨水除传染和传播病菌外，病原细菌一般也要有水滴才能侵入，而风雨造成的伤口更是很好的侵染途径。除去雨露外，有些植物病原细菌如稻白叶枯病菌等，可以随着灌溉水传播。植物病原原核生物还可以由昆虫介体传播。
植物病原真菌通常可以直接侵入，也可以从自然孔口和伤口侵入。空气、雨水和农事操作是其主要的传播途径。有些在植物病原真菌具有主动传播的特性。部分病原真菌的传播需要介体。