Ainsworth（1973）的分类系统中，半知菌亚门分3个纲：芽孢纲（Blastomycetes）：营养体是单细胞或发育程度不同的菌丝体或假菌丝，产生芽孢子繁殖。
丝孢纲（Hyphomycetes）：营养体是发达的菌丝体，分生孢子不产生在分生孢盘或分生孢子器内。
腔孢纲（Coelomycetes）：分生孢子产生在分生孢子盘或分生孢子器内。丝孢纲真菌大多数是高等植物重要寄生菌，有些是人体的寄生菌或工业上的重要真菌。丝孢纲分为4个目，已记载的有1700属，11000种。
1.无孢目（Agonomycetales）除厚垣孢子外，不产生其它分生孢子。
2.丝孢目（Hyphomycetales或Moniliales）分生孢子梗散生。
3.束梗孢目（Stilbellales）分生孢子梗聚生形成孢梗束。
4.瘤座菌目（Tuberculariales）分生孢子着生在分生孢子座上。
腔孢纲分2个目：
1.黑盘孢目（Melanconiales）真菌形成分生孢子盘；
2.球壳孢目（Sphaeropsidales）真菌形成分生孢子器。