半知菌的传统分类是采用萨卡度（Saccardo）的分类系统。该系统的特点以形态学为基础，将形态相似的半知菌归为一类，而不考虑它的系统发育关系。虽然目前半知菌的分类已有许多进展，但该系统仍是现代半知菌分类学的重要基础，至今仍被普遍采用。萨卡度的意见，将半知菌都归入半知菌类，然后进一步根据子实体或孢子果的形态分为4个目：丛梗孢目（Moniliales）；黑盘孢目（Melanconiales）；球壳孢目（Sphaeropsidales）；无孢菌类（Myceliasterilia）。
Ainsworth（1973）的分类系统中，半知菌亚门分3个纲：芽孢纲（Blastomycetes）；丝孢纲（Hyphomycetes）；腔孢纲（Coelomycetes）。
目前半知菌分类的主要依据是载孢体的类型，即分生孢子产生在分生孢子盘、分生孢子器内或着生在散生、束生成孢梗束或分生孢子座上；分生孢子的形态、颜色和分隔情况；分生孢子形成方式和产孢细胞（产孢梗）的特征等。