锈菌主要为害植物茎、叶，大都引起属部侵染，在病斑表面往往形成称作锈状物的病征，所引起的病害一般称为锈病，常引起农作物的严重损失。有的锈菌是单主寄生的，即在—种寄主植物上生活就可以完成生活史；有的是转主寄生的，生活史的不同阶段需要在两种不同的寄主上生活才能完成生活史。许多锈菌具有明显的多型现象，一个完整的生活史最多的可以产生5种类型的孢子，如禾柄锈菌。柄锈菌属为害许多不同科的高等植物，许多重要的禾谷类锈病是由此属锈菌引起的，如麦类秆锈病（P.graminis）、小麦条锈病（P.striiformis）和小麦叶锈病（P.reconditef.sptritici）等。
黑粉属是主要为害种子植物，在禾本科和莎草科植物上为害较多。黑粉菌多半引起全株性侵染，也有属部性侵染的。在寄主的花期、菌期和生长期均可侵入。为害寄主植物时，通常在发病部位形成黑色粉状物的病征，所引起的病害一般称作黑粉病。