锈菌目的特征是：冬孢子萌发产生的先菌丝内产生横隔特化为担子；担子有4个细胞，每个细胞上产生1个小梗，小梗上着生无色单胞的担孢子；担孢子释放时可以强力弹射。通常认为锈菌是专性寄生的。许多锈菌具有明显的多型现象（polymorphism），一个完整的生活史最多的可以产生5种类型的孢子，如禾柄锈菌。
禾柄锈菌是转主寄生的，担孢子只能侵染小檗（音bo），不能侵染麦类作物。担孢子随风传播到小檗上，侵入后产生初生菌丝，几天后在小檗叶片上表皮下形成性孢子器。性孢子器瓶状，有固定的器壁和孔口，器壁内表面长有许多性孢子梗，不断产生大量的性孢子。性孢子很小，单细胞，呈蜜滴状从性孢子器孔口挤出，同时性孢子器内壁产生受精丝从孔口伸出。性孢子器孔口上的蜜滴散发香味吸引昆虫前来吮吸，将性孢子传播到受精丝上，性孢子与受精丝通过授精作用进行质配，形成双核细胞。禾柄锈菌是异宗配合的，有“+”、“－”两种交配型的分化，同一种交配型的担孢子萌发产生的性孢子与受精丝之间不能进行质配，只能在“+”交配型的性孢子与“－”交配型的受精丝或“－”的性孢子与“+”的受精丝之间进行质配。
质配形成的双核细胞分裂形成双核菌丝体，扩展至小檗叶片背面表皮下纠集形成锈孢子器原基，分化形成锈孢子器，锈孢子器内产生呈链状排列的锈孢子。锈孢子球形，单细胞，双核，呈黄色，壁表面光滑。锈孢子不能侵染小檗，只能侵染麦类寄主。
锈孢子随风传播到小麦上，萌发侵入小麦后在寄主体内形成发达的双核菌丝体，随后不久在麦类叶片表皮下形成夏孢子堆，成熟后顶破表面外露。夏孢子椭圆形，单细胞，双核，壁表面有刺，橙黄色。夏孢子只能侵染麦类作物。夏孢子经传播继续为害麦类作物，在麦类作物的一个生长季节中，这样的过程可以重复多次，使病害迅速蔓延。麦类生长后期，双核菌丝顶端形成冬孢子，冬孢子聚集成冬孢子堆。冬孢子是一种抵抗不良环境的厚壁休眠孢子，越冬后萌发，经核配、减数分裂，产生担孢子。
黑粉菌目真菌一般称作黑粉菌，特征是形成成堆黑色粉状的冬孢子（习惯称作厚垣孢子）。冬孢子萌发形成先菌丝和担孢子；担子无隔或有隔，但担子上无小梗，担孢子直接产生在担子上，担孢子不能弹射。
大麦坚黑粉菌的侵染是全株性的或系统性的。大麦坚黑粉菌的冬孢子萌发形成分隔成4个细胞的先菌丝，每个细胞着生一个担孢子。担孢子卵形或椭圆形，可以芽殖方式繁殖，产生的孢子称次生担孢子。“+”、“－”的担孢子或次生担孢子交配后，产生双核侵入丝侵入寄主。大麦坚黑粉菌是从未出土时的幼苗侵入的。一种方式是当种子萌芽时，附着在种子表面的冬孢子产生担孢子，交配后形成双核的侵入丝侵入；另一种形式是潜伏在种子和颖壳间的菌丝体直接从芽鞘侵入。侵入后病菌进入生长点，菌丝体随着寄主的生长发育而遍布植株各部，引起全株感染，但病麦株在抽穗前不表现症状。抽穗后菌丝体进入子房产生大量的黑粉状冬孢子，病穗的种子整个被胶集成块的黑粉状的冬孢子所代替，冬孢子堆外有白色柔韧薄膜。冬孢子不易飞散，所以称作坚黑粉病。大麦脱粒时，飞散的冬孢子附着在种子上，是下一年病菌侵染的来源。