由于电子计算机体层摄影（CT）具有特别灵敏的密度鉴别和解剖关系横断面显示的能力，CT已被广泛应用于消化系统疾病的诊断。一些常规X线检查不能显示或必须有创检查才能发现的疾病已被准确而又安全、简便的CT检查所发现。CT检查大大地提高了消化系统疾病的放射诊断水平。
肝脏：CT对肝脏囊性病变和实质性良恶性肿瘤如肝癌、肝转移瘤、肝血管瘤、肝囊肿和肝包虫囊肿的诊断价值是肯定的，据报告CT能发现小至1.5cm的肝癌，诊断正确率为86.2~94%，CT还能发现门静脉内和肝门、腹部大血管周围淋巴结转移。CT也适用于肝硬变、脂肪肝、肝脓肿和肝外伤破裂、出血的诊断。
胆道系统：多数情况下，胆囊疾病（如胆结石）的CT诊断价值不如超声，但CT对胆囊窝内肿物的诊断价值较高。CT也可用于胆囊X线造影不显影的病例，有助于发现胆囊不显影的原因。CT对胆囊疾病的总诊断正确率为87%。CT能够明确的区分梗阻性黄疸和非梗阻性黄疸，对梗阻性黄疸可推测梗阻部位及显示梗阻原因。CT对于胆管囊肿的诊断特别有价值。
胰：CT特别适用于胰腺实质性肿瘤（如胰腺癌、胰岛细胞瘤）、囊性病变（如假性胰腺囊肿）和炎性疾病的诊断，胰腺癌的CT诊断正确率在83~96%之间。
消化管：消化管疾病诊断主要方法还是X线钡剂造影和内窥镜检查，，但当肿瘤浸润使消化管壁增厚或向壁外生长时CT有助于发现病变。CT还可用于发现淋巴结或实质脏器的转移、进行分期。
腹腔：CT适用于发现腹腔内或腹膜后肿瘤以及腹水、脓肿和转移灶。
C.T亦被用于消化系统占位性疾病治疗中或治疗后的复查和随访。
此外，当腹内占位病变不能确定性质时，可在CT指引下行细针抽吸活检，作细胞学诊断或治疗。这是目前介入放射学的重要内容，这种方法安全，并发症少，诊断率高。