为了预防大豆菌核病的发生，防治的重点是减少菌源，防止初侵染发生，可采取以下措施：
（1）合理轮作与邻作。因菌核病菌寄主范围广，除忌重茬种植外、还不宜与向日葵、油菜、小杂豆（红小豆、芸豆等）、麻类等作物连作或相邻种植，应与禾本科作物轮作。
（2）发病田应在收获后进行耕翻，消灭病株残体上的菌核以及将地表菌核埋入土壤深层，并将病残体拉出田外，减少病源。
（3）中耕培土，减少菌源。大豆出苗后及时中耕培土，这不但可将菌核埋入土壤深层或将菌核萌发的子囊盘切断，减轻病情，又可以促使大豆侧生根形成，减轻根腐病危害。
（4）药剂防治
一般于大豆2~3片复叶期，每公顷喷施25%施保克1050~1500毫升或40%菌核净750~1050毫升或50%农利灵1500毫升或50%速克灵1500毫升+0.13%康凯30~45克或益微300~450毫升+米醋1.5升，7~10天后再喷一次。若田间水分差，喷药时间适当推迟。