农民工要起诉建筑企业拖欠工资，程序上应该要先经过劳动仲裁。程序上是否要经过劳动仲裁前置，关键要看农民工与建筑企业之间是劳动关系还是劳务关系。劳动关系是指用人单位与劳动者运用劳动能力实现劳动过程中形成的一种社会关系，其主体是确定的，即一方是用人单位，另一方必然是劳动者。劳动关系主要由《劳动法》调整。劳务关系是指两个或两个以上的平等主体之间就劳务事项进行等价交换过程中形成的一种经济关系。其主体是不确定的，可能是法人之间的关系，也可能是自然人之间的关系，还可能是法人与自然人之间的关系。劳务关系主要由《合同法》来调整。根据劳动和社会保障部、建设部，劳动部、全国总工会《关于加强建设等行业农民工劳动合同管理的通知》（劳社部发[2005]9号）规定合同必须由具备用工主体资格的用人单位与农民工本人直接签订，不得由他人代签。建筑领域工程项目部、项目经理、施工作业班组、包工头等不具备用工主体资格，不能作为用工主体与农民工签订劳动合同。可以看出，农民工和建筑企业之间的关系应该属于劳动关系。我国《劳动法》第七十九条规定：“劳动争议发生后，当事人可以向单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。”所以，农民工要起诉建筑企业拖欠工资，程序上应该要先经过劳动仲裁。
但是，应该指出的是，在劳务分包的时候，因为劳务作业分包是将简单劳动从复杂劳动剥离出来单独进行承包施工的劳动，因此，总承包人与劳务作业发包人及分包人与劳务作业承包人之间既不是劳务关系也不是劳动合同关系，而是建筑工程施工合同关系。①因此，劳务作业承包人向劳务作业发包人请求支付的是工程款，此时如果起诉并不需要劳动仲裁前置，但此时也往往间接解决了农民工工资问题。
农民工有权参加工伤保险。工伤保险是指劳动者因工作原因遭受意外伤害或患职业病而造成死亡、暂时或永久丧失劳动能力时，劳动者及其遗属能够从国家、社会得到必要的物质补偿的一种社会保险制度。根据《工伤保险条例》的规定，工伤保险的适用范围包括中国境内各类企业、有雇工的个体工商户以及这些用人单位的全部职工或者雇工。所以，这些单位的农民工也应当参加工伤保险。劳动保障部《关于农民工参加工伤保险有关问题的通知》（劳社部发[2004]18号）规定，用人单位注册地与生产经营地不在同一统筹地区的，原则上在注册地参加工伤保险。未在注册地参加工伤保险的，在生产经营地参加工伤保险。农民工受到事故伤害或患职业病后，在参保地进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按参保地的规定依法享受工伤保险待遇。用人单位在注册地和生产经营地均未参加工伤保险的，农民工受到事故伤害或者患职业病后，在生产经营地进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按生产经营地的规定依法由用人单位支付工伤保险待遇。劳动者参加工伤保险，本人无须缴纳工伤保险费。