A公司应拒绝B公司的退货要求。理由如下：
根据《联合国国际货物销售合同公约》规定，若买方拒收货物，需要对货物维持原状，而本案例中B作为中间商把货物转卖给马来西亚C公司，已经采取了对A公司对本批货物所有权相抵触的行动，相当于已经接受货物。虽然B公司在合同规定的索赔期限内有马来西亚商检机构出具的商检证书，但只会在B公司和C公司之间产生效力，对A公司是无效的，A公司应拒绝B公司的退货要求。