（1）核酸打分矩阵：
等价矩阵、BLAST矩阵、转换-颠换矩阵
（2）蛋白质打分矩阵：
等价矩阵、氨基酸突变代价矩阵（遗传密码矩阵GCM）、疏水矩阵、PAM矩阵、BLOSUM矩阵。

两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论；

Brain[ti] AND RaoY[au] AND 2005:2013[dp]

序列数据库中的核酸数据库（GenBankPIRDDBJSWISS-PROTEMBL）
结构数据库（PDB）

酵母、线虫、果蝇、小鼠。