1）以编码生命信息的遗传物质—DNA序列，作为信息编码的载体，利用DNA分子的双螺旋结构和碱基互补配对的性质，将所要处理的问题映射为特定的DNA分子；
2）在生物酶的作用下，通过可控的生化反应生成问题的解空间；最后利用各种现代分子生物技术如聚合酶链反应RCR、超声波降解、亲和层析、分子纯化、电泳、磁珠分离等手段破获运算结果。
DNA计算机优点：低能耗、存储容量高、运算速度快，可真正实现并行工作。

BLAST2序列分析工具，它能进行两条序列的精确比对，同时给出两序列的图形化比对结果和文本形式的联配结果。