[1]选择待查序列（query）和蛋白质数据库；
[2]PSI-BLAST构建一个多序列比对，然后创建一个序列表谱（profile）又称特定位置打分矩阵（PSSM）；
[3]PSSM被用作query搜索数据库
[4]PSI-BLAST估计统计学意义（Evalues）
[5]重复[3]和[4]，直到没有新的序列发现。