用计算机程序对可能的基因所做的预测，它是基于DNA片段与已知基因序列的匹配程度的。

对数据库中原始的DNA碱基序列添加相关信息（比如编码的基因，氨基酸序列等）或其他的注解。

由序列重叠群拼接而成。

指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中氨基酸片段，它们在进化过程中基本保持不变。

能够与其他DNA片段根据碱基互补序列（A与T配对，G与C配对）形成两练结构的核苷酸序列。

一个用于衡量蛋白质序列的进化突变程度的单位。

在替换矩阵中，每个位置的打分是在相关蛋白局部比对模块中观察到的替换的频率而获得的，每个矩阵被修改成一个特殊的进化距离。

三个或多个序列之间的比对，如果序列在同一列有相同结构位置的残基和（或）祖传的残基，则会在该位置插入空位。

将两个或多个序列排在一起，以达到最大一致性的过程（对于氨基酸序列是比较他们的保守性），这样评估序列间的相似性和同源性。