是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比（m/z）的方法，从而使分子质量的准确确定成为可能。
质谱分析的两个工具

只表示亲缘关系无差异程度信息。

分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。

对于最大简约法来说没有意义的点。

由位点产生的突变数目把其中的一课树与其他树区分开的位点。

这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列，主要的缺点是除了在特定位置最常见的残基之外，它们不能表示任何概率信息。