模块替代矩阵。矩阵中的每个位点的分值来自蛋白比对的局部块中的替代频率的观察。每个矩阵适合特定的进化距离。例如，在BLOSUM62矩阵中，比对的分值来自不超过62%一致率的一组序列。

是一种特殊位点或模体序列，在多序列比较的基础上，氨基酸的权值和空位罚分的表格。

短的保守的多肽段，含有相同模体的蛋白质不一定是同源的，一般10-20个残基。

进化上相关，功能可能不同的一类蛋白质。

依据综合利用基因的特征，如剪接位点，内含子与外显子边界，调控区，预测基因组序列中包含的基因。

开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列。

放回式抽样统计法。通过对数据集多次重复取样，构建多个进化树，用来检查给定树的分枝可信度。

在同一算法中产生多个最优树，合并这些最优树得到的树即一致树。