在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或氨基酸替换的进化树。

是进化树中处于一组被分析物种之外的，具有相近亲缘关系的物种。

用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概念的支序图。

指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。

通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。

认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。