排污申报登记工作主要按以下两步进行：第一步是做好排污申报登记的准备工作，即准备好申报的实施方案、申报表、申报说明、申报要求等，并及时到水源、能源、统计、环境监测等有关部门收集各种有关资料与技术数据，为下一步核定提供基础依据；第二步是实施排污申报登记。这一步主要由排污单位来完成。
排污申报登记的内容主要包括：排污者的基本情况；用水、排水情况；废气排污请况；噪声排放情况；固体废物产生、处置与排放情况；生产工艺示意图。