（1）收取滞纳金。国务院颁布的《排污费资金收缴使用管理办法》第二十二条规定：“排污者者在规定的期限内未足额缴纳排污费的，有关收缴部门责令其限期缴纳，并从滞纳之日起加收2‰的滞纳金。”
（2）处以罚款。《中华人民共和国固体废物污染环境防治法》第七十五条、《中华人民共和国环境噪声污染防治法》第五十一条、《中华人民共和国水污染防治法实施法则》第三十八条等法律规定"不按照国家规定缴纳排污费或者超标排污费的，除追缴排污费或者超标排污费及滞纳金外，可以处应缴数额50%以下的罚款"。不按国家规定缴纳大气污染物排污费的按照《排污费征收使用管理条例》第二十一条规定处应缴纳排污费数额一倍以上三倍以下罚款。